(一)当事个通过电子口岸申请直接退运，向海关提交《进口货物直接退运表》等相关材料。
(二)海关将核批结果通过系统反馈当事人。
(三)当事人收到系统回执后，应当按照海关要求办理进口货物直接退运的申报手续。对于已向海关申报的货物办理直接退运手续时，应当在撤销原进口报关单或者转关单后，办理进口货物直接退运出境申报手续。
(四) 当事人收到《责令直接退运通知书》之日起30日内，应当按照海关要求向货物所在地海关办理进口货物直接退运的申报手续。
(五)当事人办理进口货物直接退运申报手续的，除另有规定外，应当先行申报出口报关单，然后填写进口报关单办理直接退运申报手续，进口报关单应在“关联报关单”栏填报出口报关单号。
由于承运人的责任造成货物错发、误卸或者溢卸的，当事人办理直接退运手续时可以免予填制报关单。
(六)进口货物直接退运应当从原进境地口岸退运出境。由于运输原因需要改变运输方式或者由另一口岸退运出境的，应当经由原进境地海关审核同意后，以转关运输方式监管出境。
办理进口货物直接退运所需资料
1、《进口货物直接退运表》
2、合同、发票、装箱清单、提运单或者载货清单等相关单证、证明文书
设定依据
《中华人民共和国海关进口货物直接退运管理办法》
第二条 货物进境后、办结海关放行手续前，进口货物收发货人、原运输工具负责人或者其代理人（以下统称当事人）将全部或者部分货物直接退运境外，以及海关根据国家有关规定责令直接退运的，适用本办法。
进口转关货物在进境地海关放行后，当事人办理退运手续的，不适用本办法，当事人应当按照一般退运手续办理。
第三条 货物进境后、办结海关放行手续前，有下列情形之一的，当事人可以向货物所在地海关办理直接退运手续：
（一）因为国家贸易管理政策调整，收货人无法提供相关证件的；
（二）属于错发、误卸或者溢卸货物，能够提供发货人或者承运人书面证明文书的；
（三）收发货人双方协商一致同意退运，能够提供双方同意退运的书面证明文书的；
（四）有关贸易发生纠纷，能够提供已生效的法院判决书、仲裁机构仲裁决定书或者无争议的有效货物所有权凭证的；
（五）货物残损或者检验检疫不合格，能够提供相关检验证明文书的。